据预报，受台风“博罗依”和冷暖空气共同影响，9月27日晚至29日，海南、广东西南部、广西西部南部、贵州西南部、云南东部南部、四川东部、重庆北部、湖北西部、陕西南部等地将有大到暴雨，其中海南大部、广东雷州半岛、广西南部、云南东南部、四川东北部、湖北西北部、陕西南部等地部分地区将有大暴雨；海南南渡江、昌化江、万泉河，广东粤西沿海鉴江、九洲江，广西郁江及桂南沿海防城河、钦江、南流江，云南元江，长江上游支流嘉陵江、渠江、涪江和中游支流汉江，黄河中游支流渭河、伊洛河等河流将出现明显涨水过程，暴雨区内部分中小河流可能发生超警以上洪水。
9月27日，水利部组织防汛会商，分析研判台风“博罗依”发展态势、影响及全国雨水情形势，安排部署暴雨洪水防御工作，向有关省（自治区、直辖市）水利部门和流域管理机构发出通知，要求锚定“人员不伤亡、水库不垮坝、重要堤防不决口、重要基础设施不受冲击”目标，树牢底线思维、极限思维，慎终如始做好暴雨洪水各项防范应对措施，全力确保人民群众生命财产安全。
一是做好台风“博罗依”暴雨洪水防御工作。紧盯台风“博罗依”移动路径、速度和影响范围，加密滚动预报和会商研判，将台风路径和雨情水情汛情预报信息直达基层和防御一线。系统、科学、安全、精准调度流域防洪工程体系，有效应对天文大潮顶托等不利影响，快速宣泄洪水入海。
二是抓好中小河流洪水和山洪灾害防御。加强中小河流洪水风险研判，提前发布预警信息，及时提请地方政府做好群众转移，确保应转早转、应转尽转；加强堤防巡查防守，预置抢险人员、料物、设备，做到险情抢早、抢小、抢住。高度关注暴雨影响范围内山洪灾害风险点位及区域，动态调整预警阈值，严格落实“谁组织、转移谁、何时转、转何处、不擅返”五个关键环节和临灾预警“叫应”措施，确保群众生命安全。
三是做好水库和在建工程安全度汛。水库“三个责任人”全部上岗到位，加强大坝、溢洪道等关键部位巡查，做到险情早预测、早发现、早抢护。病险水库原则上一律空库迎汛。压紧压实在建工程项目法人安全度汛首要责任和水行政主管部门行业监管责任，认真排查安全隐患，落实各项安全度汛措施，确保人员安全、工程安全。
四是强化城市外洪内涝防御。综合采取“外控、绕排、内守、强排”措施，全力抵御外洪进城，拒洪水于城门之外。落实城市洪涝联排联调机制，聚焦城市“三地一低一桥”(地铁、地下空间、地下车库，低洼地区，下穿立交桥)等易积水区域，提前落实关停等管控措施。